图书介绍
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- （荷）布杰德（Boogerd，F.C.）等编著，孙之荣等译 著
- 出版社： 北京：科学出版社
- ISBN：9787030222121
- 出版时间：2008
- 标注页数：251页
- 文件大小：18MB
- 文件页数：266页
- 主题词：生物学－系统科学
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图书目录
第一篇 引论1
1 面向系统生物学的哲学基础：引言3
1.1 系统生物学：一门旨在探寻方法学与哲学基础的新科学3
1.2 系统生物学4
1.3 面向系统生物学的哲学6
1.4 对几个系统生物学哲学问题的介绍8
1.5 本书的目标和概况13
参考文献13
第二篇 系统生物学的研究程序17
2 系统生物学的方法论19
2.1 自然科学各学科的方法论与哲学基础19
2.2 生物化学和分子生物学科学地位的局限26
2.3 突破限制30
2.4 系统生物学之方法学35
致谢47
参考文献47
3 哲学的思想：方法论53
3.1 引言54
3.2 通过代谢和系统生理学理解复杂的疾病——糖尿病59
3.3 MRS和MCA构建了成功的系统生物学方法论61
3.4 结论62
参考文献63
4 我们怎样理解新陈代谢65
4.1 引言65
4.2 传统的新陈代谢原理66
4.3 新陈代谢系统分析的兴起67
4.4 我们能像期望的那样去理解新陈代谢吗？71
4.5 一个细胞的新陈代谢通过模拟就能理解吗？72
参考文献73
5 基于不可靠的数据构建可靠的模型：用进化和发育的观点解读新系统生物学（NSB）77
5.1 引言78
5.2 新系统生物学和进化发育生物学（evo-devo）79
5.3 在分析大型系统时数据的可靠性问题80
5.4 数据错误和“摩尔系统”（molar system）属性81
5.5 鲁棒性和不确定因素的控制83
5.6 内生固守性85
参考文献89
第三篇 理论与模型91
6 系统生物学的机制和机械论解释93
6.1 引言：机械论解释和还原论93
6.2 组织的层次与分辨率尺度97
6.3 乳糖操纵子作为机制模型的发展102
6.4 机制与突现106
6.5 结论：机械论解释与系统生物学108
参考文献108
7 系统生物学的理论，模型和方程111
7.1 引言：生物学的理论结构111
7.2 动作电位的Hodgkin-Huxley巨型乌贼模型，作为经典的系统生物学的例子113
7.3 Hodgkin-Huxley模型的意义和他们的方法论116
7.4 从神经科学的角度考虑线虫的行为119
7.5 Ferrée和Lockery模型在线虫趋化性中的应用121
7.6 两个范例为系统生物学提供的八则启示121
参考文献123
8 所有的模型都有缺陷125
8.1 引言125
8.2 建模和建模过程127
8.3 解析建模128
8.4 综合建模131
8.5 综合建模VS．解析建模133
8.6 动力学通路建模134
8.7 所有的模型都有缺陷135
致谢136
参考文献136
9 没有模型的数据与没有数据的模型的融合139
9.1 引言139
9.2 本领域的基本情况141
9.3 系统生物学的第一个根源：代谢和信号转导途径的模型142
9.4 系统生物学的第二个根源：生物控制论和数学系统分析144
9.5 系统生物学的第三个根源：“组学”146
9.6 系统生物学的分支：不同根源的融合者148
9.7 本领域的结构150
9.8 关于自上而下的系统生物学的认识论和存在论问题152
9.9 结论157
参考文献158
第四篇 生物系统中的组织163
10 一个自我合成的生物化学工厂：细胞体的系统生物学角度概述165
10.1 如何成为一个系统生物学家165
10.2 自我生成的细胞：细胞生物学中的关联168
10.3 物质系统的自主性：对特殊催化的需要171
10.4 生命的装配和逻辑172
10.5 如何建立一个自我合成的工厂174
10.6 生命系统的自我装配178
10.7 贡献180
致谢181
参考文献181
11 生物体起源的系统生物学方法185
11.1 引言185
11.2 组织观点187
11.3 起点：非平凡的自我维持188
11.4 NTSM组织和自主性192
11.5 历史—集合维度的出现195
11.6 达尔文进化的开放结构198
11.7 总结200
致谢201
参考文献201
12 生物学机制：用于维持自治的组织203
12.1 引言203
12.2 机制的基本概念207
12.3 活力论者的挑战209
12.4 第一阶段：Bernard,Cannon和控制论的关系210
12.5 循环组织和Gánti的化学子（chemoton）212
12.6 从Gánti的化学子到自治系统218
12.7 结束语：超越基本自治222
参考文献223
13 功能从“自组织系统”的消失227
参考文献235
第五篇 结语237
14 对系统生物学基础的深入思考239
14.1 系统生物学是功能和机制生物学，而不是进化生物学241
14.2 系统生物学的解释往往是机械论的解释242
14.3 其他解释的类型对系统生物学来说也很重要243
14.4 利用模型的分子机制描述244
14.5 模型和生命系统的非平衡组织方式244
14.6 涌现属性245
14.7 系统生物学中的理论和定理246
14.8 解释多元论：不同层次的理论（intralevel and interlevel theories）247
14.9 生命是什么？247
14.10 结束语248
参考文献249