图书介绍
系统生物学基础 如何使用Cell Illustrator和通路数据库PDF|Epub|txt|kindle电子书版本网盘下载
- （日）土井淳等著；李晨译 著
- 出版社： 杭州：浙江大学出版社
- ISBN：9787308155205
- 出版时间：2016
- 标注页数：133页
- 文件大小：19MB
- 文件页数：144页
- 主题词：生物学－系统科学－应用软件
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系统生物学基础 如何使用Cell Illustrator和通路数据库PDF格式电子书版下载
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图书目录
第1章 绪论1
1.1 胞内活动1
1.1.1 转录、翻译和调控1
1.1.2 信号传导路径和蛋白质2
1.1.3 代谢作用和基因2
1.2 胞内反应和通路3
第2章 通路数据库4
2.1 主要的通路数据库4
2.1.1 KEGG5
2.1.2 BioCyc6
2.1.3 Ingenuity Pathways Knowledge Base6
2.1.4 TRANSPATH7
2.1.5 ResNet9
2.1.6 Signal Transduction Knowledge Environment（STKE）：细胞信号的数据库9
2.1.7 Reactome10
2.1.8 Metabolome.jp10
2.1.9 归纳与总结10
2.2 通路的显示软件11
2.2.1 Ingenuity Pathway Analysis（IPA）11
2.2.2 Pathway Builder11
2.2.3 Pathway Studio11
2.2.4 Connections Maps12
2.2.5 Cytoscape12
2.3 通路的文件格式13
2.3.1 基因本体（Gene Ontology，GO）13
2.3.2 PSI MI13
2.3.3 CellML13
2.3.4 SBML13
2.3.5 BioPAX14
2.3.6 CSML/CSO14
第3章 通路仿真软件16
3.1 仿真软件后台16
3.1.1 架构：确定性，概率性，还是混合的？16
3.1.2 通路建模的方法17
3.2 主要的仿真软件工具17
3.2.1 Gepasi/COPASI17
3.2.2 Virtual Cell18
3.2.3 Systems Biology Workbench（SBW），Cell Designer，JDesigner18
3.2.4 Dizzy18
3.2.5 E-Cell18
3.2.6 Cell Illustrator18
3.2.7 总结20
第4章 开始使用Cell Illustrator21
4.1 安装Cell Illustrator21
4.1.1 操作系统和硬件要求21
4.1.2 Cell Illustrator的版本介绍22
4.1.3 安装和运行Cell Illustrator22
4.1.4 证书的安装23
4.2 Cell Illustrator的基本概念23
4.2.1 基本概念23
4.2.2 实体24
4.2.3 过程27
4.2.4 连接28
4.2.5 元素之间的连接规则29
4.2.6 带有图标的元素30
4.3 启动Cell Illustrator并创建和编辑模型31
4.3.1 添加元素32
4.3.2 模型编辑和画布上的操作33
4.4 模型仿真35
4.4.1 仿真时的设置35
4.4.2 图表的设置36
4.4.3 执行仿真37
4.5 仿真的参数和规则37
4.5.1 用离散实体和离散过程创建模型38
4.5.2 用连续实体和连续过程构建模型42
4.5.3 离散和连续的概念44
4.6 使用带有图标的元素进行通路建模44
4.7 用Cell Illustraor来构建通路的模型47
4.7.1 自然降解47
4.7.2 转移49
4.7.3 转录51
4.7.4 结合53
4.7.5 解离55
4.7.6 抑制57
4.7.7 酶促反应下的磷酸化59
4.8 总结62
第5章 通路建模和仿真66
5.1 信号通路的建模66
5.1.1 主要参与者：配体和受体66
5.1.2 构建在EGF刺激下经EGFR引起的信号传导通路的模型66
5.2 代谢类模型的构建77
5.2.1 化学反应方程式和对应通路的表现方法77
5.2.2 米氏方程Cell Illustrator的通路表现方法77
5.2.3 构建糖酵解通路的模型78
5.2.4 糖酵解通路模型的仿真91
5.2.5 模型改良91
5.3 构建基因调控网络的模型95
5.3.1 体内时钟和昼夜节律95
5.3.2 小鼠昼夜节律的基因调控网络96
5.3.3 小鼠昼夜节律基因网络的模型化97
5.3.4 根据仿真结果产生假说108
5.4 小结112
第6章 有关各种通路的介绍113
6.1 酵母的基因调控网络113
6.2 基因网络的解析方法115
6.2.1 基因网络的可视化115
6.2.2 基因网络的布局115
6.2.3 通路搜索功能117
6.2.4 提取子网络的功能119
6.2.5 两个子网络的比较119
6.3 系统生物学的其他功能121
6.3.1 通路语言：CSML 3.0和CSO122
6.3.2 SaaS技术122
6.3.3 通路参数搜索123
6.3.4 更快速的仿真124
6.3.5 输出通路模型到编程语言124
6.3.6 通路布局算法125
6.3.7 通路数据库管理系统126
6.3.8 更多的可视化：图标的自动生成128
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