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原核生物界　MONERA　共234种1

细菌　Bacteria(78 spp.)1

放线菌 Actinobacteria(24 spp.)6

蓝菌（藻） Cyanobacteria[Cyanophyta](131 spp.)8

原绿菌（藻） Chloroxybacteria(1 sp.)14

原生生物界 PROTISTA 共5474种15

硅藻门 Bacillariophyta(1351 spp.)15

金藻门 Chrysophyta(14 spp.)55

隐藻门 Cryptophyta(1 sp.)56

黄藻门 Xanthophyta(3 spp.)57

甲藻门 Pyrrophyta(260 spp.)58

裸藻门 Euglenophyta(9 spp.)68

粘体门 Myxozoa(47 spp.)69

纤毛虫门 Ciliophora(317 spp.)71

肉足鞭毛虫门 Sarcomastigophora85

放射虫 Radiolaria(541 spp.)85

有孔虫 Foraminifera(2931 spp.)103

真菌界 FUNGI 共281种201

酵母 Yeast(61 spp.)201

其他真菌 Other fungi204

厦门以北海域种（17 spp.）204

香港及厦门以南海域种（202 spp.）205

菌藻类 Mycophycophyta［地衣Lichens］（1 sp.）212

植物界 PLANTAE 共1443种213

海藻 Algae 共1029种213

红藻门 Rhodophyta(576 spp.)213

褐藻门 Phaeophyta(260 spp.)231

绿藻门 Chlorophyta(193 spp.)240

维管植物 Tracheophyta 共414种251

蕨类植物门 Pteridophyta(11 spp.)251

裸子植物门 Gymnospermae(3 spp.)252

被子植物门 Angiospermae253

双子叶植物纲 Dicotyledoneae(262 spp.)253

单子叶植物纲 Monocotyledoneae(138 spp.)264

动物界 ANIMALIA 共15128种272

海绵动物门 Porifera[Spongia](106 spp.)272

腔肠动物门或刺胞动物门 Coelenterata or Cnidaria 共1304种277

水螅虫纲 Hydrozoa(515 spp.)277

钵水母纲 Scyphomedusae(40 spp.)294

珊瑚虫纲 Anthozoa300

群体海葵目 Zoanthidea(30 spp.)300

海葵目 Actiniaria(83 spp.)301

角海葵目 Ceriantharia(3 spp.)304

石珊瑚目 Scleractinia(296 spp.)305

造礁珊瑚 Zooxanthellate corals(307 spp.)305

非造礁珊瑚 Azooxanthellate corals(49 spp.)314

角珊瑚目 Antipatharia(39 spp.)316

根枝珊瑚目 Stolonifera(1 sp.)317

苍珊瑚目 Helioporacea(1 sp.)317

蓝珊瑚目 Helioporacea(3 spp.)317

柳珊瑚目 Gorgonacea(75 spp.)318

软珊瑚目 Alcyonacea(115 spp.)320

海鳃目 Pennatulacea(12 spp.)325

石花虫目 Telestacea(1 sp.)326

栉水母动物门 Ctenophora（共9 spp.）327

有触手纲 Tentaculata(7 sp.)327

无触手纲 Nuda(2 sp.)327

扁形动物门 Plathyhelminthes 共765种329

涡虫纲 Turbellaria(24 spp.)329

吸虫纲 Trematoda(692 spp.)330

绦虫纲 Cestoidea(49 spp.)356

纽形动物门 Nemertinea(52 spp.)359

动吻动物门 Kinorhyncha(10 spp.)362

线虫动物门 Nematodae 共143种363

寄生种（53 spp.）363

非寄生种（90 spp.）366

棘头虫动物门 Acanthocephala(32 spp.)371

轮虫动物门 Rotatoria(17 spp.)373

曳鳃动物门 Priapulida(2 spp.)374

环节动物门 Annelida 共972种375

多毛纲 Polychaeta(924 spp.)375

寡毛纲 Oligochaeta(43 spp.)408

蛭纲 Hirudinea(5 spp.)410

星虫动物门 Sipuncula(43 spp.)411

螠虫动物门 Echiura(9 spp.)414

软体动物门 Mollusca 共2902种416

多板纲 Polyplacophora［双神经纲Amphineura］（39 spp.）416

双壳纲 Bivalvia［瓣鳃纲Lamellibranchia］（878种）418

掘足纲 Scaphopoda(28 spp.)452

腹足纲 Gastropoda 共1856种453

前鳃亚纲 Prosobranchia(1385 spp.)453

后鳃亚纲 Opisthobranchia(453 spp.)498

肺螺亚纲 Pulmonata(18 spp.)515

头足纲 Cephalopoda(101 spp.)516

节肢动物门 Arthropoda 共3809种521

肢口纲 Merostomata(4 spp.)521

海蜘蛛纲 Pycnogonida(4 spp.)521

蛛形纲 Arachnoidea(56 spp.)522

昆虫纲 Insecta(366 spp.)524

甲壳纲 Crustacea 共2617种539

鳃足亚纲 Branchiopoda539

无甲目 Anostraca(1 sp.)539

枝角目 Cladocera(34 spp.)539

介形亚纲 Ostracoda(184 spp.)541

桡足亚纲 Copepoda(594 spp.)549

台湾南湾和基隆沙港记录种（2001—2007）566

蔓足亚纲 Cirripedia(192 spp.)578

软甲亚纲 Malacostraca585

糠虾目 Mysidacea(107 spp.)585

涟虫目 Cumacea(17 spp.)589

原足目 Tanaidacea(4 spp.)589

等足目 Isopoda(95 spp.)590

端足目 Amphipoda 共512种595

钩虾亚目 Gammaridea(361 spp.)595

？亚目 Hyperiidea(134 spp.)607

麦杆虫亚目 Caprellidea(16 spp.)612

英高虫亚目 Ingolfiellidea(1 sp.)613

磷虾目 Euphausiacea(46 spp.)614

十足目 Decapoda 共1384种615

枝鳃亚目 Dendrobranchiata615

对虾总科 Penaeoidea(99 spp.)615

樱虾总科 Sergestoidea(15spp.)620

腹胚亚目 Pleocyamata620

蝟虾次目 Stenopodidea(3 spp.)620

真虾次目 Caridea(310 spp.)620

螯虾次目 Astacidea(13 spp.)631

蝼蛄虾次目 Thalassinidea(20 spp.)631

龙虾次目 Palinuridea(37 spp.)632

歪尾次目 Anomura(181 spp.)637

短尾次目 Brachyura(820 spp.)645

口足目 Stomatopoda(60 spp.)670

苔藓动物门 Bryozoa[Ectoprocta](526 spp.)674

内肛动物门 Entoprocta(9 spp.)695

腕足动物门 Brachiopoda(9 spp.)696

帚虫动物门 Phoronida(4 spp.)697

毛颚动物门 Chaetognaths(37 spp.)698

棘皮动物门 Echinodermata 共624种700

海百合纲 Crinoidea(54 spp.)700

海参纲 Holothuroidea(110 spp.)702

海星纲 Asteroidea(109 spp.)705

海胆纲 Echinoidea(113 spp.)709

蛇尾纲 Ophiuroidea(238 spp.)713

半索动物门 Hemichordata［口索动物门Stomochordata鳃孔动物门Branchiotrema］（6 spp.）723

尾索动物门 Urochordata 共125种724

有尾纲 Appendiculata[Copeiata](26 spp.)724

海樽纲 Thaliacea(34 spp.)725

海鞘纲 Ascidiacea(65 spp.)727

脊索动物门 Chordata 共3621种731

头索动物亚门 Cephalochordata(4 spp.)731

脊椎动物亚门 Vertebrata 共3617种732

圆口纲 Cyclostomata[Marsipobranchii](9 spp.)732

软骨鱼纲 Chondrichthyes(237 spp.)732

硬骨鱼纲 Osteichthyes(2780 spp.)740

两栖纲 Amphibia(1 sp.)827

爬行纲 Reptilia 共24种828

龟鳖目 Testudiformes(5 spp.)828

蛇目 Serpentiformes(19 spp.)828

鸟纲 Aves(524 spp.)829

兽纲［哺乳纲］ Mammalia(42 sp.)847

拉丁学名索引851