医学生物信息学PDF|Epub|txt|kindle电子书版本网盘下载

医学生物信息学PDF格式电子书版下载

注意：本站所有压缩包均有解压码： 点击下载压缩包解压工具

上篇　生物信息学基础3

第一章　生物信息学概述3

1.1　生物信息学的定义和研究范畴3

目录3

1.1.1　生物信息学的定义4

1.1.2　生物信息学中的数据库与网络4

1.1.3　生物信息学的主要研究范畴5

1.2　生物信息学的建立与发展7

1.3　医学生物信息学的发展与展望10

1.3.2　生物信息学的发展和展望11

1.3.1 医学生物信息学的主要研究内容11

第二章　医学生物信息数据库13

2.1　医学生物信息数据库简介13

2.2　国外常用医学文献数据库17

2.2.1　PubMed文献数据库17

2.2.2　HighWire Press电子期刊数据库20

2.3　国内常用生物医学文献检索数据库23

2.3.1　万方数据资源系统23

2.3.2　中国期刊网25

3.1 常用的DNA数据库及软件29

3.1.1　GenBank——NCBI核酸序列数据库29

第三章　核酸数据库的应用29

3.1.2　EMBL——欧洲核酸序列数据库35

3.1.3　DDBJ——日本DNA数据库36

3.2　常用的RNA数据库及软件36

3.2.1　Transterm——mRNA序列和翻译调控元件数据库37

3.2.2　RDP-Ⅱ——核糖体数据库38

3.2.3　RNA二级结构预测38

3.3　核酸同源性序列比对的策略和方法40

3.3.1　数据库中的相似性搜索40

3.3.2　BLAST简介40

3.3.3　BLAST应用举例43

3.4　新序列的提交46

第四章　人类基因组变异数据库48

4.1　SNP数据库48

4.1.1　dbSNP数据库49

4.1.2　人类基因组变异数据库51

4.2　突变数据库52

4.3　基因标记物与微卫星数据库54

4.4　观察SNP和突变的工具55

4.4.1 在基因组水平上观察SNP和突变的工具55

4.4.2　在基因水平上观察SNP和突变的工具55

5.1 SWISS-PORT蛋白序列数据库59

5.1.1 SWISS-PORT蛋白序列数据库区别于其他蛋白序列数据库的优点59

第五章　蛋白质资源数据库59

5.1.2　SWISS-PROT数据库的结构与级别60

5.1.3　序列条目的结构60

5.1.4　不同的行类型63

5.1.5　数据库的检索66

5.2 ASTRAL——蛋白质结构和序列分析体系67

第六章　生物芯片70

6.1　概述70

6.1.1　生物芯片简介70

6.1.2　生物芯片分类70

6.1.3　几种常见的生物芯片71

6.2　基因芯片基本原理和基本流程72

6.2.1　基因芯片的基本原理72

6.2.2　基因芯片的基本流程72

6.3　几种新型的芯片技术76

6.4　生物芯片的应用78

6.5　生物信息学中的新技术80

附　基因芯片进行基因差异表达实际操作举例82

第七章　疾病相关数据库87

7.1　综合临床数据库87

7.2　肿瘤相关数据库91

7.2.1　Cancer.gov——肿瘤网91

7.2.2　Oncolink94

7.2.3　癌症基因组剖析计划（CGAP）95

7.2.4 中国癌症网97

7.3　心血管疾病相关数据库97

7.3.1 心血管疾病相关医学数据库（Cardio）97

7.3.2 中华心血管医学网99

7.4　遗传性疾病数据库100

7.5　感染性疾病数据库102

第八章　生物信息学与药物设计105

8.1　概述105

8.2　生物信息学在药物设计中的优势106

8.3.1　初始阶段：事半功倍的效果108

8.3　生物信息学在药物设计环节中的应用108

8.3.2　生物活性筛选阶段：提高筛选命中率109

8.3.3　药物开发阶段：联系遗传信息与药物疗效的桥梁110

8.4　药物设计过程中生物信息学应用流程110

8.4.1　综合分子生物学方法110

8.4.2　EST数据库搜寻111

8.4.3　结构生物学方法111

8.5　生物信息学在药物设计中的其他应用112

8.5.1　药物作用的机制112

8.5.2　药物的药代动力学及毒理性质的研究112

8.6　后基因组时代药物研究的新进展和新趋势113

8.5.3　计算机辅助药物设计113

附　药物设计实例114

第九章　常用软件介绍115

9.1　Omiga介绍115

9.2　Antheprot介绍118

9.3　MACAW介绍125

9.4　Primer Premier介绍128

9.5　Reference Manager介绍130

9.6　常用限制酶分析与质粒作图软件135

9.6.1　Gene Construction Kit 2.5135

9.7.1　RNAdraw 1.1b139

9.6.2　Clone Manager 7139

9.7　RNA二级结构预测及分析软件139

9.7.2　RNA Structure 3.2143

9.8　序列综合分析软件145

第十章　基因芯片微阵列数据分析148

10.1　常用基因芯片及其数据简介148

10.2　基因芯片数据处理与分析150

10.3　基因芯片数据分析的基本策略与方法151

10.4　基因微阵列数据分析中的常用软件155

10.4.1　Excel155

10.4.3　R及其在基因表达数据分析中的应用159

10.4.2　SAM159

下篇　生物信息学与功能基因组学互动平台165

第十一章　生物信息学与基因组学技术165

11.1　新基因分析的生物信息学策略165

11.2　新基因的分离——cDNA末端快速扩增技术168

11.3　基因突变检测（分析）技术171

11.3.1　单链构象多态性技术171

11.3.2　变性梯度凝胶电泳技术173

11.3.3　测序与直接测序175

11.3.4　单碱基延伸标签阵列技术（SBE-TAGS）175

11.3.7　等位基因特异性寡核苷酸杂交（ASOH）176

11.3.5　异源双链分析（HA）技术176

11.3.6　连接酶链反应（LCR）176

11.3.8　等位基因特异性扩增法（ASA）177

11.3.9　RNA酶A切割法（RNase A cleavage）177

11.3.10　基于PCR、酶切的技术177

11.3.11　高通量检测技术178

11.4　mRNA差异显示技术179

11.4.1　DD-PCR基本原理180

11.4.2　DDRT-PCR技术路线180

11.4.3　DD-PCR的优越性182

11.5 比较基因组杂交技术182

11.6　微阵列-比较基因组杂交技术184

11.7　基因表达分析技术186

11.7.1　基因表达系列分析技术186

11.7.2　RNase保护试验189

11.7.3　RNA印记杂交技术191

11.7.4　实时荧光定量PCR技术193

11.8　SNPs、ESTs在研究新（未知）基因中的应用195

11.8.1　单核苷酸多态性（SNP）195

11.8.2　表达序列标签（EST）196

12.1　反义核酸技术199

第十二章　RNA组学及常用研究技术199

12.2　核酶技术202

12.3　RNA错折叠技术204

12.4　RNA干扰技术205

12.4.1　RNAi作用的机制206

12.4.2　RNAi实验方案207

12.4.3　RNAi在基因功能分析中的应用209

第十三章　模式生物体研究210

13.1　转基因动物210

13.1.1　转基因动物概念210

13.1.2　基本原理211

13.1.4　转基因动物模型在医学研究中的应用212

13.1.3　嵌合体动物212

13.2　基因打靶技术215

13.2.1　基因打靶技术的原理216

13.2.2　基因打靶的操作要点216

13.2.3　提高基因打靶效率的途径218

13.2.4　基因打靶技术的应用219

13.3　时空可调节性基因打靶技术与基因陷阱219

13.3.1　时空可调节性基因打靶219

13.3.2　基因陷阱221

13.3.3　诱变技术在功能基因组学中的应用223

第十四章　蛋白质组学技术224

14.1　蛋白质组分离技术225

14.1.1　二维聚丙烯酰胺凝胶电泳225

14.1.2　高效液相色谱（HPLC）228

14.1.3　毛细管电泳及电色谱（CE/CEC）228

14.2　鉴定技术229

14.2.1　质谱技术229

14.2.2　图像分析技术233

14.2.3　高流通量筛选（HTS）234

14.3　蛋白质芯片技术235

14.4　酵母双杂交系统237

附录　生物信息学及分子生物学术语241