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转录因子结合位点预测算法的研究与应用
  • 徐东作 著
  • 出版社: 上海:上海大学出版社
  • ISBN:9787811185119
  • 出版时间:2009
  • 标注页数:156页
  • 文件大小:57MB
  • 文件页数:175页
  • 主题词:博士-学位论文-汇编-上海市-2006

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图书目录

第一章 绪论1

1.1 生物信息学简介1

1.2 基因表达调控3

1.3 转录因子结合位点预测算法的研究与意义10

1.4 论文工作与安排11

第二章 基于自由能最小原则的BSS算法14

2.1 共有序列与权重矩阵14

2.2 热力学原理19

2.3 BSS算法22

2.4 实验数据25

2.5 结果与讨论26

2.6 本章小结28

第三章 人工神经网络30

3.1 人工神经网络简介30

3.2 神经细胞与人工神经元模型32

3.3 网络结构与工作方式34

3.4 学习规则与学习方式36

3.5 BP神经网络40

3.6 其他常见的神经网络模型48

3.7 人工神经网络在生物信息学中的应用52

3.8 生物序列编码问题53

3.9 本章小结54

第四章 基于交叉熵原则的ANN-CE算法56

4.1 神经网络中的误差函数56

4.2 基于交叉熵原则的ANN-CE算法61

4.3 实验数据67

4.4 结果与讨论69

4.5 本章小结74

第五章 隐马尔可夫模型75

5.1 马尔可夫模型75

5.2 隐马氏模型77

5.3 隐马氏模型解决的三个问题及其基本算法80

5.4 生物信息学中的隐马氏模型95

5.5 本章小结99

第六章 基于隐马氏模型的BssHMMs预测算法101

6.1 相关位置得分矩阵101

6.2 BssHMMs算法107

6.3 实验数据113

6.4 结果与讨论116

6.5 本章小结122

第七章 转录因子结合位点的预测工具123

7.1 BSDbase数据库123

7.2 转录因子结合位点预测软件——ANN-CETM126

7.3 转录因子结合位点挖掘器软件——TFBsMD129

7.4 本章小结133

第八章 总结与展望135

8.1 论文工作的总结135

8.2 存在的问题和展望136

参考文献139

致谢156

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