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第1章 概述1

1.1 什么是化学信息学1

1.2 化学信息学的诞生背景1

1.3 信息科学在化学领域的应用2

1.4 化学信息采集接口2

1.5 化学信息的结构和特点3

1.6 化学信息的工作方式4

1.7 化学信息学的应用4

1.7.1 化合物结构绘制4

1.7.2 化学数据库设计与开发4

1.7.3 化学反应体系模拟5

1.7.4 计算机辅助波谱解析5

1.7.5 化合物结构与活性关系预测5

1.7.6 实验室信息管理系统5

1.8 展望5

第2章 化学信息来源7

2.1 辞典7

2.2 手册7

2.3 化学期刊9

2.3.1 综合类期刊10

2.3.2 有机化学期刊10

2.3.3 分析化学期刊11

2.3.4 无机化学期刊12

2.3.5 物理化学期刊12

2.4 图书馆资源13

2.4.1 生命科学图书馆13

2.4.2 中国科学院大连化学物理研究所图书馆13

2.4.3 中国科学院国家科学图书馆14

2.4.4 国家科技图书文献中心16

2.4.5 清华大学图书馆17

2.4.6 中国国家图书馆18

2.4.7 哈佛大学图书馆19

2.4.8 斯坦福大学图书馆19

2.5 化学化工资源信息平台20

2.5.1 化学信息网20

2.5.2 Computer Aided Chemistry Tutorial21

2.5.3 Wilton High School Chemistry22

扩展阅读：信息22

第3章 信息搜索引擎23

3.1 概述23

3.1.1 搜索引擎的原理23

3.1.2 搜索引擎的历史及发展趋势24

3.2 搜索引擎的定义及分类27

3.2.1 全文搜索引擎27

3.2.2 目录索引类搜索引擎27

3.2.3 元搜索引擎27

3.2.4 垂直搜索引擎28

3.3 搜索引擎查询方法28

3.3.1 模糊查询28

3.3.2 精确查询29

3.3.3 逻辑查询29

3.3.4 查询范围限制29

3.4 常用的全文搜索引30

3.4.1 百度30

3.4.2 Google中国31

3.4.3 维基百科31

3.5 常用的学术搜索引33

3.5.1 BASE33

3.5.2 SciTech Connect34

3.5.3 CiteSeerX35

3.6 常用的元搜索引擎35

3.6.1 Dogpile35

3.6.2 Excite36

3.6.3 Ixquick36

3.6.4 Mamma37

3.6.5 Metacrawler38

3.6.6 ProFusion38

3.6.7 Savvysearch39

3.7 专业搜索引擎39

3.7.1 专业搜索引擎的优势39

3.7.2 著名的专业搜索引擎39

扩展阅读：百度搜索技巧41

第4章 文献检索概述42

4.1 文献检索的意义42

4.1.1 文献的定义42

4.1.2 信息检索的含义42

4.1.3 文献检索的意义42

4.2 文献检索的基础知识42

4.2.1 逻辑运算符42

4.2.2 通配符43

4.2.3 位置算符43

4.2.4 主要检索字段44

4.2.5 文献资源分类45

4.2.6 主要文献类型45

4.3 文献检索基本流程46

4.4 文献检索途径及案例47

4.4.1 研究类文献检索47

4.4.2 数据事实检索50

第5章 中文学术论文资源数据库65

5.1 中国知网65

5.1.1 中国知网概况65

5.1.2 中国学术期刊（网络版）65

5.1.3 中国学术辑刊全文数据库65

5.1.4 中国博士学位论文全文数据库67

5.1.5 中国优秀硕士学位论文全文数据库71

5.1.6 中国重要会议论文全文数据库71

5.1.7 CNKI国家科技成果数据库72

5.2 万方数据知识服务平台73

5.2.1 万方数据知识服务平台概况73

5.2.2 中国学术期刊数据库74

5.2.3 中国学位论文全文数据库74

5.2.4 中国学术会议文献数据库75

5.2.5 中文科技报告数据库76

5.3 维普网77

5.3.1 维普期刊资源整合服务平台概况77

5.3.2 中文科技期刊数据库77

5.3.3 中国科学指标数据库79

第6章 外文学术论文资源数据库81

6.1 Web of Science81

6.1.1 Web of Science概况81

6.1.2 Web of Science Core Collection83

6.1.3 Derwent Innovations Index91

6.1.4 INSPEC93

6.1.5 Chinese Science Citation Database93

6.1.6 Journal Citation Reports94

6.2 美国《化学文摘》94

6.2.1 美国化学文摘概况94

6.2.2 美国《化学文摘》（网络版）95

6.2.3 SciFinder检索方式及检索结果95

6.3 《工程索引》104

6.3.1 Engineering Village概况104

6.3.2 Ei Compendex检索方式及检索结果105

6.4 ScienceDirect109

6.4.1 ScienceDirect数据库简介109

6.4.2 ScienceDirect检索方式及结果109

6.5 Wiley Online Library113

6.5.1 Wiley Online Library数据库简介113

6.5.2 Wiley Online Library检索方式及检索结果114

6.6 SpringerLink118

6.6.1 SpringerLink数据库简介118

6.6.2 SpringerLink检索方式及检索结果118

6.7 其他外文文献数据库120

6.7.1 Online Computer Library Center120

6.7.2 ProQuest平台121

第7章 专利文献与技术标准123

7.1 专利文献123

7.1.1 专利概述123

7.1.2 美国专利文献概述125

7.1.3 中国专利文献概述128

7.1.4 中国专利全文数据库129

7.1.5 万方中外专利数据库129

7.1.6 SIPO中国及多国专利查询系统130

7.2 技术标准132

7.2.1 技术标准概述132

7.2.2 国际标准化组织（ISO）简介132

7.2.3 ISO9000族标准及ISO14000族标准简介132

7.2.4 中国标准的分类133

7.2.5 国家标准全文数据库134

7.2.6 中国行业标准全文数据库134

7.2.7 中外标准数据库135

第8章 化学信息数据库资源136

8.1 数据库简介136

8.1.1 数据136

8.1.2 数据库136

8.1.3 数据库管理系统136

8.1.4 数据库系统（database system）137

8.2 数据库历史及分类137

8.2.1 数据库历史137

8.2.2 数据库的模型分类139

8.3 三类化学信息数据库139

8.3.1 文献数据库139

8.3.2 事实数据库140

8.3.3 结构数据库140

8.4 Internet上的化学化工数据库140

8.4.1 Spectral Database for Organic Compounds140

8.4.2 NIST Chemistry WebBook141

8.4.3 NIST Atomic Spectra Database142

8.4.4 Reaxys数据库143

8.4.5 剑桥晶体数据库144

第9章 化学软件147

9.1 概述147

9.2 化学软件的分类148

9.3 语言软件和依托算法的化学计算软件149

9.3.1 MATLAB149

9.3.2 R语言161

9.4 绘图软件170

9.4.1 ChemBioOffice170

9.4.2 ACD/ChemSketch5.0171

9.4.3 Symyx Draw173

9.5 化学分析仪器数据处理软件174

9.5.1 GRAMS174

9.5.2 MestReNova177

9.5.3 Origin178

9.6 分子模拟软件179

9.6.1 分子对接软件AutoDock179

9.6.2 量子化学计算软件——Gaussian程序180

9.6.3 分子动力学模拟软件182

第10章 信息处理与数据挖掘185

10.1 概述185

10.2 数据的标准化186

10.3 特征提取与优化186

10.3.1 主成分分析186

10.3.2 偏最小二乘法189

10.3.3 逐步回归分析189

10.3.4 遗传算法191

10.4 信号处理方法192

10.4.1 协方差与相关系数193

10.4.2 自、互相关分析193

10.4.3 功率谱密度194

10.4.4 傅里叶变换194

10.4.5 小波变换195

10.5 机器学习方法198

10.5.1 K最近邻法198

10.5.2 概率神经网络198

10.5.3 分类回归树199

10.5.4 助推法200

10.5.5 人工神经网络201

10.5.6 支持向量机204

10.6 数据库挖掘技术206

10.6.1 聚类算法206

10.6.2 决策树算法207

10.7 Web数据挖掘技术207

10.7.1 Web内容挖掘207

10.7.2 Web结构挖掘207

10.7.3 Web日志挖掘208

扩展阅读：化学计量学208

第11章 QSAR及药物设计209

11.1 概述209

11.2 QSAR模型的分类210

11.2.1 二维定量构效关系（2D-QSAR）210

11.2.2 三维定量构效关系（3D-QSAR）212

11.2.3 多维定量构效关系214

11.2.4 方法评价215

11.3 定量构效关系研究中常用的回归分析法216

11.3.1 多元线性回归216

11.3.2 主成分回归217

11.3.3 偏最小二乘回归217

11.3.4 投影寻踪回归218

11.3.5 非线性方法219

11.4 药物设计219

11.4.1 类药性220

11.4.2 脂水分布系数lgP220

11.4.3 脑血分配系数220

11.4.4 肠穿透性221

11.4.5 水溶性221

11.4.6 毒性221

11.5 精准医疗221

11.6 高通量筛选222

11.7 QSAR方法的应用示例222

扩展阅读：定量构效关系226

第12章 生物信息学227

12.1 什么是生物信息学227

12.2 生物信息学的发展历程228

12.3 生物信息学的研究内容230

12.3.1 生物信息挖掘230

12.3.2 药物设计231

12.3.3 基因组学231

12.3.4 蛋白质组学232

12.3.5 代谢组学234

12.4 生物信息学的研究方法235

12.4.1 数学统计方法235

12.4.2 动态规划方法235

12.4.3 模式识别技术235

12.4.4 数据库技术235

12.4.5 分子模型化技术235

12.4.6 分子力学和量子力学计算236

12.4.7 分子动力学模拟236

12.5 生物信息学的应用236

12.6 生物信息学的研究趋势及未来挑战237

12.7 蛋白质功能研究238

12.8 蛋白质数据库简介239

12.8.1 综合性蛋白质数据库240

12.8.2 专用性蛋白质数据库241

12.9 蛋白质序列的特征提取方法242

12.9.1 基于氨基酸组成和位置的特征提取方法243

12.9.2 基于氨基酸物理化学特性的特征提取方法244

12.9.3 基于数据库信息挖掘的特征提取方法245

12.10 蛋白质相互作用247

12.11 蛋白质网络252

12.11.1 蛋白质-蛋白质相互作用网络252

12.11.2 氨基酸残基网络254

扩展阅读：高通量基因表达检测技术255

参考文献256