图书介绍
中药资源转录组分析操作指南PDF|Epub|txt|kindle电子书版本网盘下载
- 袁媛，黄璐琦主编 著
- 出版社： 上海：上海科学技术出版社
- ISBN：9787547830130
- 出版时间：2016
- 标注页数：312页
- 文件大小：26MB
- 文件页数：326页
- 主题词：药用植物－基因转录－指南
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图书目录
第一篇 理论篇3
一、中药资源转录组概述3
（一）转录组的研究目标3
（二）转录组的研究方法5
（三）中药资源转录组研究现状5
（四）中药资源转录组研究展望12
二、同源基因功能分化与活性成分变异机制22
（一）同源基因的正确注释是研究药用植物活性成分变异的重要前提22
（二）重复基因的功能分化是形成药用植物活性成分变异的基础24
（三）药用植物基因功能分化决定其活性成分的变异26
三、功能性EST-SSR标记31
（一）功能性EST-SSR的基本概念31
（二）功能性EST-SSR的开发流程32
（三）功能EST-SSR的优势35
（四）功能性EST-SSR标记在中药资源中的应用36
（五）药用植物功能性EST-SSR标记展望38
第二篇 技术篇43
一、转录组数据的组装43
实验一 样品收集与保存43
实验二 RNA提取44
实验三 mRNA分离纯化47
实验四 Solexa文库制备49
实验五 上机测序53
实验六 转录组数据组装59
实验七 转录组数据功能注释61
二、基因克隆及表达分析64
实验八 基因克隆64
实验九 基因表达分析71
实验十 共表达分析80
三、数据库使用及生物信息学分析84
实验十一 核酸数据库及其使用84
实验十二 蛋白质数据库及其使用91
实验十三 代谢数据库及其使用96
实验十四 文献数据库及其使用101
实验十五 NCBI序列数据的提交104
实验十六 多序列对位排列分析109
实验十七 系统发育分析112
实验十八 核酸序列的分析和转换117
实验十九 基因开放阅读框预测123
实验二十 蛋白质理化性质预测129
实验二十一 蛋白质亚细胞定位信号预测130
实验二十二 蛋白质信号肽和跨膜结构域预测132
实验二十三 蛋白质二级结构和三级结构预测135
四、SSR标记开发139
实验二十四 SSR位点开发139
实验二十五 SSR引物设计140
实验二十六 基因组DNA提取143
实验二十七 琼脂糖凝胶电泳145
实验二十八 非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳147
实验二十九 SSR数据统计149
实验三十 SSR数据分析155
第三篇 实践篇161
一、金银花转录组与质量评价标记筛选161
二、地黄根部转录组文库的构建及响应连作障碍关键基因的筛选174
三、比较转录组学和代谢组学相结合研究丹参酮生物合成分子机制186
四、罗汉果果实转录组测序的研究209
五、基于转录组测序揭示适度干旱胁迫对甘草根基因表达的调控222
六、基于黄芩cDNA文库的功能EST-SSR标记开发236
七、茯苓转录组SSR序列特征及其功能预测255
八、川西獐牙菜（藏茵陈）转录组SSR信息分析268
九、厚朴MVA途径相关基因鉴定及生物信息学分析288
十、三七香叶基香叶基焦磷酸合酶基因的克隆及表达分析301