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第一部分 基础篇1

第1章 ImageJ概述1

1.1 ImageJ简介1

1.1.1功能简介1

1.1.2应用前景1

1.2 ImageJ安装与删除2

1.2.1安装ImageJ2

1.2.2删除ImageJ5

1.3发布与更新6

1.4帮助信息6

1.4.1软件手册6

1.4.2邮件列表和论坛7

第2章 图像基本概念8

2.1图像类型8

2.1.1两种数字化图像形式8

2.1.2两种图像压缩方式8

2.2图像格式9

2.2.1 ImageJ支持的格式9

2.2.2使用插件支持的格式10

2.2.3其他常用文件格式11

2.3图像栈、虚栈和超栈11

2.3.1图像栈11

2.3.2虚栈12

2.3.3超栈12

2.4彩色图像12

2.4.1真彩色图像13

2.4.2伪彩色图像13

2.4.3色彩模式13

2.5图像信息与属性16

2.5.1图像信息16

2.5.2图像属性16

第3章 图像处理基础18

3.1图像增强与复原18

3.1.1基本灰度增强18

3.1.2直方图均衡19

3.1.3空间滤波基础19

3.1.4频域变换基础20

3.1.5空间域图像去噪23

3.1.6频率域滤波24

3.2形态学图像处理26

3.2.1膨胀和腐蚀26

3.2.2开操作和闭操作28

3.2.3基本形态学算法28

3.3图像分割30

3.3.1基础知识30

3.3.2阈值分割31

3.3.3区域分割33

3.4分水岭图像分割34

3.4.1基本算法34

3.4.2改进算法35

第二部分 应用篇37

第4章 界面介绍37

4.1 ImageJ工作环境37

4.1.1标题栏37

4.1.2菜单栏37

4.1.3工具栏38

4.1.4状态栏38

4.1.5进度条40

4.2弹出菜单40

4.3结果表42

4.4 ImageJ编辑器43

4.5窗口显示45

4.6用户设置46

4.6.1基本设置46

4.6.2高级设置48

4.6.3其他50

4.7首选项50

第5章 文件操作52

5.1新建52

5.1.1新建图像52

5.1.2图像栈53

5.1.3超栈53

5.1.4文本窗口54

5.2打开与关闭55

5.2.1打开文件55

5.2.2打开样本55

5.2.3打开最近文档56

5.2.4 5.24重命名56

5.2.5还原57

5.2.6关闭所有57

5.3导入58

5.3.1图像序列58

5.3.2原始图像59

5.3.3查找表60

5.3.4文本图像60

5.3.5文本文件61

5.3.6网页地址（URL）61

5.3.7结果61

5.3.8 AVI61

5.3.9列表里的栈62

5.3.10 TIFF虚拟栈62

5.4保存和另存为62

5.4.1常用图像格式63

5.4.2原始数据格式64

5.4.3文本图像保存64

5.4.4图像序列格式65

5.4.5查找表格式65

5.4.6 XY坐标65

5.4.7选取区域保存65

5.4.8另存为结果66

5.5页面设置和打印66

5.5.1页面设置66

5.5.2打印66

5.6退出67

第6章 区域选取与编辑68

6.1区域选取68

6.1.1矩形选取68

6.1.2圆角矩形选取69

6.1.3卵形选取69

6.1.4椭圆选取70

6.1.5刷子选取70

6.1.6多边形选取71

6.1.7自动选取71

6.1.8魔法棒71

6.2区域的编辑72

6.2.1区域选取73

6.2.2移动区域73

6.2.3对区域进行缩放73

6.2.4对区域进行变形73

6.2.5区域填充74

6.3选取区域操作74

6.3.1拟合74

6.3.2凸壳76

6.3.3反选76

6.3.4创建掩膜77

6.3.5旋转77

6.3.6创建条带77

6.3.7其他选取命令78

6.4其他工具80

6.4.1点工具80

6.4.2多点工具81

6.4.3线选取82

6.4.4角度84

6.4.5文本84

6.4.6放大镜84

6.4.7滚动工具85

6.4.8颜色拾取器85

第7章 编辑图像86

7.1基本命令86

7.1.1剪切86

7.1.2复制和复制到系统86

7.1.3粘贴和粘贴控制86

7.1.4撤销和恢复87

7.1.5清除图像88

7.1.6绘制88

7.1.7取反88

7.2颜色通道89

7.2.1通道工具89

7.2.2分裂通道89

7.2.3合并通道89

7.2.4图像栈转为RGB彩色图像90

7.2.5构建复合图像90

7.3图像颜色类型转换91

7.3.1颜色拾取器91

7.3.2颜色类型转换91

7.3.3显示查找表93

7.3.4编辑查找表93

第三部分 提高篇94

第8章 修改图像94

8.1基本修改94

8.1.1裁剪和复制94

8.1.2缩放95

8.1.3变换97

8.2高级调整99

8.2.1亮度和对比度调整99

8.2.2窗口与灰度级调整101

8.2.3色彩平衡102

8.2.4阈值处理103

8.2.5调整图像和画布尺寸105

8.3覆盖和查找表106

8.3.1覆盖106

8.3.2查找表109

第9章 图像栈及其操作110

9.1图像栈基本操作110

9.1.1切片的操作110

9.1.2图像与图像栈111

9.1.3制作Montage图112

9.1.4正交视图113

9.1.5投影114

9.1.6其他栈操作115

9.2工具集117

9.2.1简单图像栈操作117

9.2.2 Montage图像到图像栈119

9.2.3创建子图像栈119

9.2.4归并Z投影119

9.2.5动画选项120

9.3超栈120

9.3.1新建超栈120

9.3.2图像栈与超栈120

9.3.3降维操作122

9.3.4通道操作122

第四部分 精通篇124

第10章 空域图像处理124

10.1平滑124

10.2锐化处理126

10.3获取边缘和最大值127

10.3.1获取边缘127

10.3.2获取最大值128

10.4对比度增强129

10.5噪声处理130

10.6阴影处理132

10.7二值化处理133

10.7.1二值化图像的生成133

10.7.2形态学处理136

10.8算术运算138

第11章 频域图像处理140

11.1频域变换140

11.2使用滤波器144

11.3其他处理方法148

11.3.1批处理148

11.3.2图像计算器150

11.3.3减背景151

11.3.4重复命令153

第12章 图像分析154

12.1测量与分析154

12.1.1测量154

12.1.2分析粒子155

12.2汇总与分布158

12.2.1汇总158

12.2.2分布158

12.3设置测度和尺度159

12.3.1设置测度159

12.3.2设置尺度161

12.4绘制剖面图和表面162

12.4.1绘制剖面图162

12.4.2绘制表面162

12.5图胶164

12.6工具集167

12.6.1保存XY坐标167

12.6.2分形盒子计数168

12.6.3曲线拟合169

12.6.4 ROI管理器170

12.6.5尺寸条172

12.6.6校正条173

12.6.7分析线状图173

12.7其他功能174

12.7.1加标签174

12.7.2校正174

12.7.3直方图176

第五部分 扩展篇178

第13章 ImageJ扩展178

13.1宏178

13.1.1什么是宏178

13.1.2打开宏文件178

13.1.3运行宏179

13.1.4安装宏179

13.1.5新建宏182

13.1.6宏记录器183

13.1.7调试宏184

13.2宏函数186

13.2.1宏语言186

13.2.2宏函数186

13.3插件188

13.3.1概述188

13.3.2创建插件189

13.3.3调用插件193

13.4脚本194

13.4.1脚本194

13.4.2脚本创建及运行194

13.4.3打开脚本196

13.4.4优缺点197

第14章 应用实例198

14.1实例一 图像灰度分析198

14.1.1打开图像198

14.1.2灰度直方图199

14.2实例二 图像分割201

14.2.1阈值分割201

14.2.2边缘提取203

14.3实例三 三维可视化203

14.3.1导入序列图204

14.3.2构建3D模型204

14.3.3三维切割206

14.4实例四 目标计数208

14.4.1导入图像208

14.4.2阈值设置208

14.4.3细胞计数209

14.5实例五 区域物理面积计算211

14.5.1预处理211

14.5.2设定比例尺211

14.5.3测量线长度213

14.5.4测量区域面积214

14.6实例六 三维体积计算217

14.6.1导入序列217

14.6.2阈值处理217

14.6.3面积计算218

14.6.4累加法计算体积220

附录 快捷键与转意键221

参考文献227