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第1章 绪论1

参考文献5

第2章 QTL连锁分析理论和方法7

2.1 QTL连锁分析概述7

2.2 Bayes统计推断的基本原理8

2.3 基于RJ-MCMC进行畜禽远交群体QTL连锁分析10

2.3.1 遗传模型10

2.3.2 标记基因型和性状表型的数据模拟12

2.3.3 QTL的1BD矩阵推断方法12

2.3.4 基于RJ-MCMC的QTL连锁分析14

2.3.5 连续性状QTL连锁分析18

2.3.6 二级阈性状QTL连锁分析22

2.3.7 主要结论38

2.4 基于贝叶斯压缩（Bayes shrinkage）技术的QTL连锁分析41

2.4.1 基于Bayes压缩技术的连锁分析模型41

2.4.2 全条件后验分布推导和MCMC抽样42

2.4.3 基于MCMC参数估计值的统计检验44

2.4.4 贝叶斯压缩方法的模拟验证44

参考文献47

第3章 QTL精细定位理论与方法50

3.1 基于IBD方法的基因精细定位51

3.1.1 IBD定位方法基本原理52

3.1.2 IBD精细定位的分析方法52

3.1.3 IBD精细定位的模拟研究54

3.2 结合连锁分析（LA）和连锁不平衡分析（LA/LD）的QTL精细定位策略64

3.2.1 LD/LA定位的理论基础和方法65

3.2.2 基于模拟试验进行LA和LA/LD分析的比较研究72

3.2.3 主要结论82

参考文献84

第4章 基于传递不平衡检验的关联分析方法86

4.1 利用系谱传递不平衡检验进行阈性状QTL定位88

4.1.1 PTDT方法89

4.1.2 PTDT的检验功效和Ⅰ型错误91

4.1.3 影响PTDT检验效力的因素95

4.2 利用系谱传递不平衡检验进行数量性状QTL定位100

4.2.1 数量性状转化为分类性状方法100

4.2.2 选择性基因型测定101

4.2.3 数据模拟101

4.2.4 数量性状转化方法比较101

4.2.5 PTDT与QTDT和PDT效力比较103

4.2.6 PTDT选择性基因型测定基因定位效力103

参考文献104

第5章 单倍型推断106

5.1 基本概念106

5.1.1 单倍型（haplotype）、双倍型（diplotype）106

5.1.2 单倍型推断107

5.1.3 大片段染色体单倍型推断107

5.2 利用单亲资料推断单倍型——SPFHAP法108

5.2.1 方法概述108

5.2.2 单倍型推断效率110

5.3 利用全同胞信息推断单倍型——FSHAP法111

5.3.1 方法概述111

5.3.2 单倍型推断效率113

5.4 复杂家系单倍型推断115

5.4.1 零重组单倍型推断方法（ZRHI）116

5.4.2 有重组单倍型推断方法——MRHI122

5.4.3 讨论127

参考文献128

第6章 生物信息学在重要经济性状的基因分离中应用132

6.1 牛全基因组转录因子数据库构建134

6.1.1 牛全基因组预测转录因子识别原理135

6.1.2 数据与方法135

6.1.3 牛全基因组预测转录因子数据库的构架以及应用135

6.1.4 数据库特征分析138

6.2 后生动物转录因子ETS基因家族的分类与进化分析141

6.2.1 数据来源和分析方法142

6.2.2 分析结果143

6.2.3 讨论149

6.3 基因芯片的数据分析151

6.3.1 微阵列数据的数学模型152

6.3.2 非对数转换方法153

6.3.3 检测差异表达的基因155

6.3.4 cDNA微阵列数据的模拟156

6.3.5 模拟数据研究结果158

6.3.6 模拟研究结果分析162

6.3.7 实际数据分析应用164

参考文献166

第7章 动物分子标记辅助育种技术173

7.1 标记辅助选择173

7.1.1 MA-BLUP173

7.1.2 两阶段选择177

7.2 标记辅助导入181

7.3 标记辅助基因聚合187

7.3.1 基因聚合的基本思路188

7.3.2 动物群体的基因聚合方案188

7.3.3 基因聚合所需群体规模的计算189

7.3.4 不同基因聚合方案的比较195

7.3.5 影响基因聚合方案效率的因素196

7.3.6 基因聚合的果蝇模拟试验199

参考文献200

第8章 基因组选择技术202

8.1 基因组选择技术简介202

8.1.1 基因组选择的基本原理202

8.1.2 基因组育种值的计算方法203

8.1.3 基因组选择的准确性及其影响因素206

8.1.4 基因组选择的应用208

8.2 利用性状特异关系矩阵的最佳线性无偏预测法（TABLUP）211

8.2.1 TABLUP法的基本方法211

8.2.2 TABLUP法的性能212

8.3 利用低密度标记的基因组选择214

8.3.1 高密度芯片下GEBV的准确性215

8.3.2 标准参数下低密度芯片的GEBV准确性216

8.3.3 遗传力对低密度标记GEBV准确性的影响217

8.3.4 有效群体大小对低密度标记GEBV准确性的影响217

8.3.5 筛选标记数和芯片密度的关系218

8.3.6 低密度标记基因组选择的相关问题219

参考文献220

第9章 猪免疫性状基因定位225

9.1 猪各种免疫性状的生物学意义226

9.1.1 血液指标226

9.1.2 细胞因子227

9.1.3 T淋巴细胞亚群228

9.1.4 IgG与溶菌酶229

9.2 猪免疫（抗病）性状相关QTL和候选基因的研究现状230

9.2.1 猪免疫（抗病）性状相关QTL的研究现状230

9.2.2 猪免疫（抗病）性状相关候选基因的研究现状232

9.3 我国猪群中免疫性状相关的QTL检测234

9.3.1 试验猪群及免疫指标测定234

9.3.2 微卫星标记的选择及QTL连锁分析235

9.3.3 影响猪血常规指标QTL的定位结果236

9.3.4 影响猪细胞因子QTL的定位结果240

9.4 我国猪群中猪免疫性状的候选基因分析242

9.4.1 猪CD14基因的克隆和组织表达243

9.4.2 TLR4的组织表达244

9.4.3 LMP2和MECL-1基因的克隆和组织表达245

9.4.4 猪LMP2、LMP7基因与免疫性状的关联分析249

参考文献252

第10章 仔猪腹泻抗性基因分离与鉴定263

10.1 致仔猪腹泻大肠杆菌简介263

10.1.1 大肠杆菌疾病分类及主要特征263

10.1.2 大肠杆菌的致病机理264

10.1.3 ETEC的血清分型264

10.1.4 产肠毒素的毒力因子及其致病性265

10.2 仔猪小肠上的大肠杆菌受体266

10.2.1 受体的作用266

10.2.2 受体的性质266

10.2.3 肠道不同部位、日龄等对受体的影响267

10.2.4 仔猪产肠毒素F4ab/ac受体的遗传特性267

10.2.5 受体的检测以及影响因素267

10.3 F4受体候选基因的筛选268

10.3.1 DDRT-PCR技术筛选仔F4受体候选基因268

10.3.2 抑制性消减杂交（SSH）技术筛选仔猪腹泻抗性候选基因269

10.4 仔猪腹泻大肠杆菌F4ab/ac受体候选基因分析271

10.4.1 转铁蛋白（Tf）271

10.4.2 肿瘤相关钙离子信号转导因子1（TACSTD1）272

10.4.3 黏液素4基因（MUC4）272

10.5 F4ab/ac受体基因的精细定位275

参考文献278

第11章 奶牛产奶性状全基因组关联分析283

11.1 资源群体284

11.2 SNP基因型测定及质量控制285

11.3 全基因组关联分析统计方法286

11.3.1 关联分析的统计模型286

11.3.2 对多重检验的校正287

11.3.3 群体分层检验289

11.4 与牛产奶性状显著关联的SNPs289

11.4.1 产奶量291

11.4.2 乳脂量292

11.4.3 乳蛋白量293

11.4.4 乳脂率294

11.4.5 乳蛋白率296

11.5 主要结论297

参考文献300

第12章 鸡生长和产蛋性状候选基因分析305

12.1 鸡重要经济性状分子遗传机理研究现状305

12.1.1 鸡的基因组图谱305

12.1.2 鸡重要经济性状QTL定位研究进展307

12.1.3 鸡重要经济性状的候选基因308

12.1.4 北京油鸡生长和产蛋性状候选基因分析310

12.2 TGFB2和IGF2R基因的遗传效应分析312

12.2.1 SNP筛选和测定313

12.2.2 SNP与性状的关联分析314

12.2.3 TGFB2基因SNP的转录因子结合位点分析319

12.3 IGFBP1、IGFBP3和STAT5B基因遗传效应分析320

12.3.1 SNP筛选和测定321

12.3.2 基因和基因型频率以及Hardy-Weinberg平衡检验322

12.3.3 SNP与生长和产蛋性状的关联分析323

12.3.4 蛋白质结构预测327

12.3.5 转录因子结合位点分析327

12.4 GHRHR和JAK2基因遗传效应分析330

12.4.1 SNP筛选和测定330

12.4.2 SNP与生长和产蛋性状关联分析331

参考文献334

第13章 动物杂种优势分子遗传机理研究341

13.1 试验鸡群组建341

13.2 试验鸡群主要屠体性状及产蛋性状的杂种优势率342

13.2.1 主要屠体性状的杂种优势342

13.2.2 主要产蛋性状的杂种优势343

13.2.3 主要蛋品质性状的杂种优势率344

13.3 心肌和肝脏组织基因差异表达与鸡屠体性状杂种优势的关系346

13.3.1 基因差异表达类型与鸡屠体性状杂种优势的关系346

13.3.2 差异表达基因的表达量与屠体性状杂种优势的关系351

13.3.3 主要研究结论355

13.4 卵巢组织基因差异表达与鸡产蛋性状和蛋品质性状杂种优势的关系356

13.4.1 基因差异表达模式与鸡产蛋性状和蛋品质性状杂种优势的关系356

13.4.2 差异表达基因的表达量与产蛋性状和蛋品质性状杂种优势的关系360

13.5 应用荧光定量差异显示技术探索鸡杂种优势的分子机理362

13.5.1 利用持家基因的荧光定量分析标定cDNA池的浓度362

13.5.2 促卵泡素受体基因（FSHR）的荧光定量检测结果363

13.5.3 雌激素受体（ER）基因的荧光定量检测结果365

13.5.4 主要研究结论366

参考文献367